Sejarah IAI Wilayah Jawa Timur bermula pada tahun 1970, menurut buku Perjalanan Seorang Guru Biografi S.Supoyo, saat itu beliau menjadi Ketua IAI Wilayah Jawa Timur. Pada tahun 1982, Wiyoko Suwandi menugaskan Tjiptohadi Sawarjuwono untuk mendata anggota IAI di Jawa Timur yang masih berjumlah puluhan.
Berkat Wiyoko Suwandi, IAI Wilayah Jawa Timur mempunyai kantor sekretariat yang menjadi satu dengan Kantor Akuntan milik Wiyoko Suwandi, beralamat di Raya Darmo No.3 Surabaya. Pada masa itu, kehidupan IAI bergantung pada iuran anggotanya. Beberapa tokoh senior yang aktif kala itu yaitu S. Supoyo, Mustofa, dan Parwoto Wignjohartojo.
Pada tahun 1983, diadakan rapat anggota yang pertama di Hotel Simpang, yang terpilih saat itu menjadi Ketua IAI Wilayah Jawa Timur (1982-1986) adalah S. Supoyo, dan wakilnya Mustofa dengan sekretarisnya Tjiptohadi Sawarjuwono. S. Supoyo dikenal sebagai sosok yang mengutamakan kegiatan organisasi demi kemajuan, didukung oleh Mustofa sebagai wakilnya, sedangkan Tjiptohadi Sawarjuwono mengupayakan pengembangan keanggotaan.
Pada tahun 1986, diadakan rapat anggota dan pemilihan suara dilakukan secara langsung. Terpilihlah Mustofa sebagai Ketua IAI Wilayah Jawa Timur kedua (1986-1994), dibantu oleh sekretaris Edi Subiyakto. Mustofa merupakan alumni Universitas Airlangga, seorang dosen di Universitas Brawijaya pada tahun 1980-an, dan juga seorang Akuntan Publik. Beliau dikenal dengan karakternya yang mudah bergaul.
Pada saat itu, kedudukan Kantor IAI Wilayah Jawa Timur berpindah dari Kantor Akuntan milik Wiyoko Suwandi menjadi satu dengan Kantor Akuntan milik Edi Subiyakto. Pada periode ini diadakan Konvensi Nasional Akuntan (KNA) yang pertama kali diadakan di Surabaya, dan Kongres IAI pertama kali diselenggarakan di luar ibukota negara, yaitu di Surabaya. Tahun 1994-1998 Ketua IAI Wilayah Jawa Timur ketiga adalah Made Putra.
Tahun 1998-2002, sejak kepemimpinan Ketua IAI Wilayah Jawa Timur keempat, yaitu Fadjar OP Siahaan dan sekretarisnya Tjiptohadi Sawarjuwono, IAI Wilayah Jawa Timur berpindah gedung dan memilih Direktur Eksekutif pertama, yaitu Ardianto, serta mendirikan klinik usaha kecil dan menengah, termasuk koperasi. Beliau juga dikenal sebagai sosok pemimpin yang baik.
Tahun 2003–2017, di masa kepemimpinan Ketua IAI Wilayah Jawa Timur kelima, Tjiptohadi Sawarjuwono, yang mengedepankan sikap toleran tetapi tegas dalam memimpin, mengakomodir kepentingan anggota dengan memberikan keleluasaan bagi pengurus yang lain untuk berperan dalam mengembangkan IAI Wilayah Jawa Timur. Pada masa kepemimpinan beliau, tepatnya di tahun 2005, kelas Regular Brevet A&B mulai berjalan. Semasa kepemimpinan beliau, IAI Wilayah Jawa Timur juga melahirkan kegiatan Ujian Standar Keahlian Akuntansi (USKA), yang pada awalnya bertujuan untuk membantu lulusan SMK memiliki sertifikasi keahlian di bidang akuntansi, sehingga dapat mendukung dunia usaha dan dunia industri dalam akuntabilitas.
Dalam hal pengembangan organisasi, IAI Wilayah Jawa Timur memiliki kemandirian keuangan yang dimotori oleh Manajemen Eksekutif. Pada masa beliau, Direktur Eksekutif yang menjabat dari tahun 2003–2007 adalah Deny Poerhadiyanto, yang dilanjutkan oleh Sigit Kurnianto dari tahun 2009 sampai saat ini. Pada bulan Desember Tahun 2013 IAI Wilayah Jatim juga dipercayai oleh IAI Pusat untuk menjadi tuan rumah acara Regional Public Sector Conference III. Tjiptohadi Sawarjuwono percaya bahwa akuntan bukan hanya yang bertempat tinggal di ibukota provinsi, sehingga IAI Wilayah Jawa Timur berani membentuk Kepengurusan Komisariat yang menaungi dan melayani akuntan serta masyarakat di daerah seperti Malang Raya, Kediri, Jember, Madura, dan Madiun, serta membentuk kepengurusan Anggota Muda yang pertama di Indonesia pada tahun 2014.
Pada masa beliau, IAI Wilayah Jawa Timur mendapatkan kepercayaan publik, mulai dari kegiatan sosialisasi dana kampanye di Jawa Timur bekerja sama dengan KPU Provinsi Jawa Timur, hingga kegiatan bersama dengan Inspektorat Provinsi Jawa Timur dan Inspektorat pemerintahan Kabupaten/Kota di Jawa Timur untuk meningkatkan kompetensi aparatur dalam mendorong akuntabilitas dan transparansi pemerintahan daerah. Pada masa beliau terlahir prestasi yang fenomenal, yaitu IAI Wilayah Jawa Timur diberi kepercayaan oleh Pemerintah Provinsi Jawa Timur untuk mengadakan Diklat Manajemen Keuangan Desa kepada kepala desa dan sekretaris desa di Provinsi Jawa Timur.
Pada tanggal 7 April 2016, masa kepemimpinan IAI Wilayah Jawa Timur oleh Tjiptohadi Sawarjuwono memiliki gedung sendiri, yaitu Grha Akuntan Jatim. Gedung tersebut diperoleh dari hasil dukungan dan sumbangan para anggota, khususnya yang terlibat menjadi tenaga instruktur Manajemen Keuangan Desa.
Pada periode kepemimpinan IAI Wilayah Jawa Timur tahun 2018 hingga 2025 yang dipimpin oleh Prof. Basuki dan didukung peran operasional dan administratif oleh Direktur Eksekutif Dr. Sigit Kurnianto, organisasi ini semakin menguatkan eksistensinya dengan berbagai inovasi dan kolaborasi yang strategis. Salah satu slogan yang diusung selama periode ini adalah "Hari ini harus lebih baik dari hari kemarin, hari esok harus lebih baik dari hari ini." Slogan ini menjadi semangat untuk terus melakukan perbaikan dan pengembangan dalam segala aspek organisasi. Pengembangan dalam internal organisasi yang dilakukan IAI Wilayah Jawa Timur pada periode ini dengan membentuk kepengurusan bidang hubungan korporat untuk menaungi para akuntan di perusahaan yang kemudian menjadi gagasan pembentukan bidang akuntan sektor bisnis IAI secara nasional.
Selain itu, IAI Wilayah Jawa Timur juga memperkenalkan inovasi baru dalam pengembangan ilmu pengetahuan kepada masyarakat, seperti melalui Youtube IAI Jatim TV. Kanal ini menjadi media yang efektif untuk berbagi informasi dan meningkatkan pemahaman tentang akuntansi dan tata kelola yang baik kepada masyarakat luas. Peningkatan pembelajaran melalui Learning Management System, penguatan sertifikasi dengan IAI Wilayah Jawa Timur sebagai Computer Based Examination (CBE) Center di 2 tempat: Grha Akuntan Jatim dan BPSDM Pemerintah Provinsi Jawa Timur. IAI Wilayah Jawa Timur juga memperkuat sinergisitas dengan pemerintah salah satunya bekerja sama dengan Inspektorat Kabupaten Bayuwangi mengadakan kegiatan Public Sektor Risk Management Confernce pada tahun 2024, IAI Wilayah Jawa Timur juga berkerjasama dengan berbagai organisasi profesi, seperti IAPI, FKSPI, PERSI, PAIRSI, dan lainnya, untuk menciptakan kerjasama dalam mendukung perkembangan profesi akuntan di Jawa Timur.
IAI Wilayah Jawa Timur melakukan perubahan KRA yang semula hanya bersifat nasional menjadi internasional, memperluas jangkauan program dan pengaruhnya KRA telah terlaksana sampai di tahun yang ke 12 Pada Tahun 2025. IAI Wilayah Jawa Timur juga berhasil menambah jumlah anggota serta memperkenalkan berbagai Pendidikan Profesional Berkelanjutan (PPL) pelatihan untuk meningkatkan kompetensi anggotanya. Pada periode ini kepengurusan anggota muda sampai tahun 2025 sudah mencapai generasi ke 12.
Pada masa ini, IAI Wilayah Jawa Timur semakin aktif dalam melakukan pengabdian masyarakat, salah satunya dengan memberikan pelatihan dan pendampingan kepada BUM Desa (Badan Usaha Milik Desa) untuk mendorong keberlanjutan ekonomi desa melalui tata kelola keuangan yang baik. Pada bulan Agustus Tahun 2025 IAI Wilayah Jatim mendapat kepercayaan untuk membantu menyelenggarakan dua kegiatan besar IAI yaitu International Tax Conference yang merupakan kegiatan Kompartemen Akuntan Pajak dan Gathering Nasional KJA yang merupakan kegiatan Kompartemen KJA.
Tidak kalah pentingnya, IAI Wilayah Jawa Timur juga terus menyediakan berbagai Free PPL dan Pendidikan Profesional Berkelanjutan (PPL) sesuai dengan tujuan IAI untuk membimbing perkembangan akuntansi serta mempertinggi mutu pendidikan akuntan dan mempertinggi mutu pekerjaan akuntan.
